Действие "Чистого неба"разворачивается за год до событий оригинальной игры,когда зона была гораздо более неспокойным местом.Стрелок (он же Меченый),сумевший добраться до её центра (во время своей первой экспидиции,которая была ещё до событий первой части),спровоцировал катаклизм.На вторжение Зона ответила тоннами выбросов,в один из которых
угодил главный герой "Чистого неба".Воопреки всему,он выживает,но Зона как будто начинает за ним настоящую охоту.Герой понимает,что единственный шанс на спасение - остановить Стрелка,уже начавшего свой второй поход в сердце Чернобыля.Меченый,в роли которого мы провели немало часов в первом "Сталкере",становиться нашим главным и безоговорочным противником.